2002年，菏澤師范專(zhuān)科學(xué)校、菏澤教育學(xué)院、菏澤廣播電視大學(xué)3所學(xué)校合并，同時(shí)并入菏澤師范學(xué)校、菏澤農業(yè)學(xué)校，籌建菏澤學(xué)院。2004年，教育部正式批準更名為菏澤學(xué)院。2011年，單縣幼兒師范學(xué)校、鄆城幼兒師范學(xué)校并入菏澤學(xué)院。2017年，學(xué)校成為省級碩士培育建設單位。

　　截至2020年7月，學(xué)校建有4個(gè)校區，占地面積1436畝，建筑面積57.31萬(wàn)平方米，教學(xué)科研儀器設備總值1.75億元，館藏紙質(zhì)圖書(shū)215.74萬(wàn)冊、期刊800余種；開(kāi)設21個(gè)二級學(xué)院，開(kāi)辦的本科專(zhuān)業(yè)63個(gè)；2018年，學(xué)校專(zhuān)科招生專(zhuān)業(yè)30個(gè)；共有全日制本專(zhuān)科在校生22317人，繼續教育在讀生2575人；有教職工1531人，專(zhuān)任教師1086人。